これらの用語は、性同一性障害を理解する上で重要になります。
性同一性障害：身体的性別と性自認（ジェンダー・アイデンティティー）が一致しない状態
性別違和：出生時に割り当てられた性別と、自身が体験または認識する性別（ジェンダー）との間に顕著な不一致がある状態
性別不合：WHO（世界保健機構）の ICD-11では「性別不合」と呼ばれ、精神疾患ではなく「性の健康に関する状態」に分類されている。アメリカ精神医学会のDSM-5-TRでは「性別違和」として診断される
トランスジェンダー（transgender）：出生時に割り当てられた性別とは異なる性自認を持つ個人を指す包括的な用語です。
シスジェンダー（cis-gender）：出生時に割り当てられた性別と性自認が一致する人
トランス男性（trans man）：出生時に女性とされ、男性の性自認を持つ人
FTM（Female to Male）：出生時に割り当てられた性別は女性であるが、心の性別が男性である人を指す。トランス男性と同義。
トランス女性（trans women）：出生時に男性とされ、女性の性自認を持つ人
MTF（Male to Female）：出生時に割り当てられた性別は男性であるが、心の性別が女性である人を指す。トランス女性と同義。
ノンバイナリーまたはＸジェンダー：男女いずれの一方に特定されない性自認を持つ人
性自認：自分はどのような性別である／ないという連続した自己認識のありよう
性的指向：恋愛・性愛の対象がどの性別に向いているかを示す概念で、異性愛・同性愛。両性愛など多様な形があり。自分の意思で選んだり変えたりできるものではないとされている。
性別移行：自身の心の性別と一致させるために、服装・名前などの「社会的」な側面と、ホルモン療法・性別適合手術などの「身体的」な側面から行うプロセスの総称。
性別適合手術：性同一性障害を持つ人が、自分の心の性別に身体の性別を適合させるための外科的手術。
性同一性障害特例法：正式名称は性同一性障害の性別の取り扱いの特例に関する法律。性同一性障害を持つ人が戸籍上の性別を変更するのを認める日本の法律。
LGBT：性的マイノリティ（性的少数者）を指す言葉で、「Lはレズビアン」女性の同性愛者（心の性が女性で、恋愛対象が女性の人）、「Gはゲイ」は男性の同性愛者（心の性が男性で、恋愛対象が男性の人）、「Bはバイセクシュアル」両性愛者（恋愛対象が男性・女性の両方に向く人）、「Tはトランスジェンダー」出生時に割り当てられた性別と、自認する性が異なる人という意味を持つ。
カミングアウト：自分の性的指向や性自認などを、自分の意思で周囲に伝えることを指す。
アウティング：本人の了承を得ずにその人の性的指向や性自認を第三者に暴露する行為。
パス：トランスジェンダーの人の外見について使われる用語。トランス女性がシスジェンダーの女性のように見えたりトランス男性がシスジェンダーの男性に見えたりするときに「パスしている」などと使う。「パス度を上げたい」「完パス」も言われたりする
ミスジェンダリング：間違った性別でその人を扱うこと。例えば女性に「お兄さん」と声をかけてしまったりする場合を指す。
ホルモン療法：自身の自認するせいに身体的な特徴を近づけるための治療のこと。
セカンドオピニオン：現在かかっている主治医とは別の医師に、診断結果や治療方針について意見を聞くこと。
ガイドライン：日本では主に、日本精神神経学会が策定する「性別不合に関する診断と治療のガイドライン」が標準として広く用いられている。
リアルライフテスト：自認する性別で、一定期間（通常は数ヶ月から１年以上）、実際の社会生活を送ってみること。